読んでおきたい論文

今まで勉強したことをまとめるにあたって、読み直したい論文、新たに読んでみたい論文が出てきたので、まとめました。全てグラフを解析している論文です。読んだ後に気が向いたら、内容をまとめてアップするかもしれません。

モジュラリティの最大化

GN法

Finding and evaluating community structure in networks
M.E.J.Newman and M.Girvan
Physical Review E 69, 026113 (2004)
Community structure in social and biological netwirks
M.Girvan and M.E.J.Newman
PNAS Vol.99 p7821-7826 (2002)
トップダウン型でグラフクラスタリングを行います。クラスタリング結果の指標としてモジュラリティを定義しています。

Newman法

Fast algorithm for detecting community structure in network
M.E.J.Newman
Phys.Rev.E 69, 066133 (2004)
GN法で提案されているモジュラリティを最大化することを目的としたクラスタリング手法です。

CNM法

Finding community structure in very large networks
Aaron Clauset, M.E.J.Newman and Cristopher Moore
Physical Review E 70, 066111 (2004)
Newman法をより速く計算できる手法です。

それ以外

Mining Cohesive Patterns from Graphs with Feature Vectors

Flavia Moser, Recep Colak, Arash Rafiey, Martin Ester , SDM09
頂点に特徴ベクトルがあるグラフから、共通の特徴を持ち、かつ辺が密な頂点集合を抽出します。ソーシャルネットワークとバイオのネットワークを解析しています。

Community Learning by Graph Approximation

Bo Long, Xiaoyun Wu, Zhongfei Zhang, Philip S. Yu , ICDM07
グラフのリンク構造に着目して頂点を分類します。コミュニティ内の頂点は、密に辺を張るコミュニティが同一になるように分類をします。

Modeling cellular machinery through biological network comparison

Roded Sharan, Trey Ideker
Nature Biotechnology 24, p427-p433
異なる生物種間でネットワークの比較をしています。