Publications referring to NGS data に新データの追加

DBCLS

http://sra.dbcls.jp/cgi-bin/publication.cgiに新しくPubMedと次世代シークエンサ(NGS)のデータIDの対応を追加しました．

今回追加新たに追加したものは，PubMedのMeSHで"High-Throughput Nucleotide Sequencing"が付いているものです．6月22日に25件ほど追加しています．

追加の流れ

以下の手順で追加しました．id:meguu08 と共に作業しています．

1. eutils経由で High-Throughput Nucleotide Sequencing のMeSHが付いた論文のPubMed ID(PMID)を取得
2. PMIDから次世代シークエンサデータのIDを抽出
3. 2.で抽出した次世代シークエンサのIDはSubmission，Study，Experiment，Sample，Run，Analysisと混ざっているので，Submission（SRAかDRAから始まる）IDに統一する
4. 登録されていない論文と次世代シークエンサのIDを新たにデータベースに追加



2. では，eutilsからxmlファイルを取得できない論文があるので，それらは直接ジャーナルサイトから取得しています．現在対応しているのは，以下のジャーナルです．
・Genome Research
・Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
・Nature
・Science (New York, N.Y.)
・Genes & Development
・Nature methods
・Nature genetics
・Nature biotechnology
・Bioinformatics
・The Plant Cell
・Briefings in Functional Genomics and Proteomics


今後，PubMedのMeSH以外にデータを追加しようと思っているので，後日HPに更新情報の追記をしたいと思います．