論文中に含まれているIDの抽出をしました。 作業手順 (1)EFetch経由で、PubMedIDからxmlファイルの取得 (2)取得したxmlファイルからPubmed CentralのIDの抽出（前回までのタグに着目、XPathを使用） (3)EFetch経由で、Pubmed CentralのIDから、論文全文が書…

月曜の輪講のメモです。前回まではこちら↓ 輪講：アルゴリズムデザイン（第2回） 輪講：アルゴリズムデザイン（第1回）今回は、前回の最小全域木の実装、クラスタリング、Huffman符号です。(〜4章) PrimとKruskanのアルゴリズムの実装（最小全域木問題） 頂…

先週のPubMedのXMLから情報抽出を、JavaのXml構造を扱うDOM(Document Object Model)を使って書き直しました。 "/PubmedArticleSet/PubmedArticle/MedlineCitation/PMID/text()" という形式で直接指定できるXPathの存在に気づいたのが実装後だったため、NodeL…

月曜の輪講のメモです。第1回はこちら↓ 輪講：アルゴリズムデザイン（第1回）今回は、前回証明できなかったところの証明(アルゴリズム4.1、4.2、4.3)と、最小全域木の証明までです。（〜p136） アルゴリズム4.1 区間スケジューリング 問題 それぞれ開始時間s…

PubMedのXMLファイルから、以下を抽出して出力するプログラムを作成しました。括弧の中は抽出に使用したタグです。 PubMedID () タイトル () 雑誌名の略称 (タグの) 出版された日付 (タグの中の、、、) 外部データベースへのリンク () PubMedCentralのID、Pu…

研究室の輪講で、「アルゴリズムデザイン」を読みます。アルゴリズムデザイン作者: Jon Kleinberg,Eva Tardos,浅野孝夫,浅野泰仁,小野孝男,平田富夫出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2008/07/10メディア: 単行本購入: 10人 クリック: 421回この商品を含むブ…

今まで勉強したことをまとめるにあたって、読み直したい論文、新たに読んでみたい論文が出てきたので、まとめました。全てグラフを解析している論文です。読んだ後に気が向いたら、内容をまとめてアップするかもしれません。 モジュラリティの最大化 GN法 Fi…